Từ tháng 6 năm 2000, Drosten ra làm thực tập sinh trong nhóm phòng thí nghiệm của bác sĩ Herbert Schmitz trong khoa virus học thuộc Viện Y học Nhiệt đới Bernhard Nocht (BNITM) tại Hamburg, nơi ông đứng đầu nhóm phòng thí nghiệm Chẩn đoán Phân tử và thành lập một chương trình nghiên cứu về chẩn đoán phân tử bệnh virus nhiệt đới. Từ năm 2007, Drosten đứng đầu Viện Virus học tại Bệnh viện Đại học Bonn. Năm 2017, ông chấp nhận lời mời đến Charité ở Berlin làm Viện trưởng Viện Virus học.[3]

Đại dịch COVID-19

Ngày 23 tháng 1 năm 2020, Drosten, cùng với các nhà virus học khác ở châu Âu và Hồng Kông đã công bố quy trình xét nghiệm chẩn đoán PCR thời gian thực (RT-PCR), được Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) nhanh chóng chấp nhận, đã gửi bộ dụng cụ xét nghiệm đến các khu vực bị ảnh hưởng.[4]

Trong đại dịch COVID-19, Drosten được The Guardian gọi là "Bộ mặt thực sự của cuộc khủng hoảng coronavirus của đất nước [Đức]", cũng lưu ý rằng Süddeutsche Zeitung đã mô tả Drosten là "chuyên gia đầu ngành giải thích corona của đất nước".[1] Ông là một đối tác của Lothar Wieler (de), người đứng đầu Viện Robert Koch của Nhà nước ở Berlin, nhằm tư vấn cho chính quyền liên bang và nhà nước Đức.[1]